Cơ chế quản lý nhà nước của Lào chưa thật sự thuận tiện, hiệu quả quản lý hành chính còn thấp, mức độ phối hợp đồng bộ giữa các cơ quan chức năng trong chính phủ Lào chưa cao. Dịch vụ “một cửa” mà nhà nước bố trí nhằm hỗ trợ thủ tục cho các nhà đầu tư nước ngoài chưa phát huy được đầy đủ hiệu quả trong việc thuận tiện hóa, đơn giản hóa thủ tục cho doanh nghiệp. Quy trình thủ tục phê duyệt dự án phức tạp vẫn là một trong những nguyên nhân chủ yếu khiến chi phí đầu tư tăng cao, cũng như gây ra những rủi ro cho dự án đầu tư lĩnh vực nông nghiệp tại Lào.
Một bộ phận không nhỏ các quy định pháp luật hiện hành của Lào còn lạc hậu, không theo kịp với thực tiễn, năng lực thực thi pháp luật của Lào còn hạn chế, vẫn còn hiện tượng có luật nhưng không được vận dụng, thực thi pháp luật không nghiêm chỉnh. Doanh nghiệp nước ngoài đầu tư tại Lào lâu nay vẫn gặp phải vấn đề gây tranh cãi lớn, là những chính sách ưu đãi mà chính phủ Lào cam kết trong hợp đồng dự án thường rất khó được thực thi trong thực tế. Nếu phát sinh tranh chấp kinh tế tại Lào, theo quy định nhà đầu tư nước ngoài có thể đề nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư xem xét giải quyết, tuy nhiên trên thực thi thực tế lại phát sinh vấn đề quy trình thủ tục xem xét xử lý tranh chấp kinh tế tại Lào rất phức tạp, tốn nhiều thời gian, đòi hỏi chi phí lớn trong việc mời chuyên gia hiểu biết về luật pháp làm luật sư hoặc cố vấn luật pháp, bên cạnh đó là những hạn chế trong cung cấp tài liệu bổ sung và giải đáp vấn đề liên quan từ phái cơ quan chức năng Lào. Điều này gây ra gánh nặng thời gian, nhân lực, vật lực, chi phí tương đối lớn đối với doanh nghiệp.
Cơ sở hạ tầng nông nghiệp của Lào chưa hoàn chỉnh. Các chuyên gia kinh tế nhìn chung nhận định rằng, hạ tầng giao thông hiện tại của Lào vẫn còn khoảng cách rất lớn so với đòi hỏi của các nhà đầu tư nước ngoài, chi phí vận chuyển đường bộ khá cao. Vận tải đường sông Mê Công do lòng sông có nhiều ghềnh đá không thể thông suốt toàn tuyến, tầu thuyền chỉ có thể đi lại trong cả năm trên đoạn sông từ Viêng Chăn tới Savannakhet, vì vậy năng lực vận tải của sông Mê Công cũng rất giới hạn. Thêm vào đó, lĩnh vực vận tải hàng không ở vào giai đoạn mới bắt đầu, khiến chi phí vận tải cao, thậm chí cao hơn cả chi phí sản xuất, từ đó ảnh hưởng rất lớn tới vận tải một số loại sản phẩm đặc biệt là hàng hóa nông sản. Hạ tầng tưới tiêu đồng ruộng lạc hậu, rất ít hồ chưa kênh dẫn nước, việc tưới tiêu chỉ có thể dựa vào hút nước từ sông, tuy nhiên hạ tầng lưới điện của Lào chưa theo kịp, độ bao phủ mạng lưới điện toàn quốc chưa đạt 100%, nhiều khu vực miền núi kể cả có kết nối điện thì giá thành cũng rất cao. Đây là những nguyên nhân khiến việc tưới tiêu nông nghiệp của Lào là một thách thức lớn, ảnh hưởng nghiêm trọng tới sinh trưởng của cây trồng, ảnh hưởng đến hiệu quả kinh tế và đầu tư.
Rủi ro về tín nhiệm đối với đối tác liên doanh. Nhà đầu tư nước ngoài thực hiện đầu tư lĩnh vực nông nghiệp tại Lào phần lớn là tư cách cá nhân, hoặc doanh nghiệp tư nhân quy mô nhỏ, mức độ kỹ thuật, tài chính có hạn. Ở Lào đất rộng người thưa, nhiều dân tộc khác nhau, đa số theo đạo Phật, có tín ngưỡng tôn giáo riêng. Để hòa nhập tốt vào thị trường Lào, nhà đầu tư lúc đầu đều áp dụng phương thức hợp tác với người bản địa, do đó, mức độ tín nhiệm của đối tác là yếu tố then chốt quyết định việc đầu tư có thành công hay không. Các đối tác năng lực tài chính có hạn, không đủ khả năng thực hiện các cam kết hợp đồng khi đến hạn, sẽ gây ra tổn thất lớn cho doanh nghiệp liên doanh. Tuy nhiên, quan niệm về sự tín nhiệm, quan niệm về nghĩa vụ tuân thủ nghiêm chỉnh các cam kết của người dân, doanh nghiệp bản địa Lào còn yếu, tỷ lệ vi phạm hợp đồng tương đối cao. Do đó, nhà đầu tư trước khi tiến hành đầu tư nông nghiệp tại Lào nhất định phải tìm hiểu, điều tra đầy đủ, lựa chọn cẩn thận những doanh nghiệp đáng tin cậy làm đối tác.
Rủi ro về kỹ thuật trong đầu tư nông nghiệp tại Lào tương đối lớn. Sản phẩm nông nghiệp hữu cơ sạch yêu cầu không được sử dụng phân bón, thuốc trừ sâu, áp dụng phương pháp trồng trọt, chăn nuôi thuần tự nhiên. Tuy nhiên, nếu không bón phân, không sử dụng thuốc trừ sâu có thể dẫn đến cây trồng tăng trưởng chậm, dễ bị sâu bệnh. Do đó, để có thể đầu tư lĩnh vực sản xuất nông nghiệp hữu cơ sạch phải có hiểu biết đầy đủ về đặc điểm môi trường, sinh thái tự nhiên đặc thù từng vùng của Lào, phải có sự bố trí phân bổ hợp lý về sản xuất, gia công, vận tải vv… mới có thể đạt đầu tư thành công. Áp dụng năng lượng sinh thái Biogas trong lĩnh vực nông nghiệp là việc hêt sức phổ biến, tuy nhiên cũng đòi hỏi yêu cầu nhất định về trình độ kỹ thuật trong quá trình đầu tư, nhất là quá trình duy tu bảo trì về sau, do đó phải xem xét vấn đề kỹ thuật, năng lực quản lý của doanh nghiệp, lựa chọn đầu tư vào các khu vực hợp lý.
Tổng hợp